1.武漢大學與湖北工程學院聯合培養

工程碩士，依托單位：化學與材料科學學院、物理與電子信息工程學院、計算機與信息科學學院、生命科學技術學院。

計算數學，依托單位：數學與統計學院。

2.華中師范大學與湖北工程學院聯合培養

教育碩士，依托單位：數學與統計學院

3.湖北大學與湖北工程學院聯合培養

農業碩士（作物），依托單位：生命科學技術學院（農學院）、經濟與管理學院。

工程碩士，依托單位：化學與材料科學學院、物理與電子信息工程學院、計算機與信息科學學院。

4.武漢科技大學與湖北工程學院聯合培養

工程碩士，依托單位：化學與材料科學學院、物理與電子信息工程學院、計算機與信息學院、機械工程學院。